พิธีทำบุญวันมาฆบูชานี้ ไม่ปรากฏหลักฐานว่ามีมาในสมัยใด อย่างไรก็ตามในหนังสือ “พระราชพิธีสิบสองเดือน” อันเป็นบทพระราชนิพนธ์ของ “พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว” มีเรื่องราวเกี่ยวกับการประกอบราชกุศลมาฆบูชาไว้ว่า
ประเทศไทยเริ่มกำหนดพิธีปฏิบัติในวันมาฆบูชาเป็นครั้งแรกในช่วงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ ซึ่งมีการประกอบพิธีเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ. ๒๓๙๔ ในพระบรมมหาราชวังก่อน โดยมีพิธีพระราชกุศลในเวลาเช้า นมัสการพระสงฆ์จากวัดบวรนิเวศราชวรวิหารและวัดราชประดิษฐ์ จำนวน ๓๐ รูป ฉันภัตตาหารในพระอุโบสถ วัดพระศรีรัตนศาสดาราม
เมื่อถึงเวลาค่ำ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จฯ ออก ทรงจุดธูปเทียนนมัสการ พระสงฆ์ทำวัตรเย็นและสวดคาถาโอวาทปาฏิโมกข์ เมื่อสวดจบทรงจุดเทียน ๑,๒๕๐ เล่ม รอบพระอุโบสถ มีการประโคมอีกครั้งหนึ่งแล้วจึงมีการเทศนาโอวาทปาฏิโมกข์ ๑ กัณฑ์เป็นทั้งเทศนาภาษาบาลี และภาษาไทย ส่วนเครื่องกัณฑ์ประกอบด้วยจีวรเนื้อดี ๑ ผืน เงิน ๓ ตำลึงและขนมต่าง ๆ เมื่อเทศนาจบ พระสงฆ์ ๓๐ รูป สวดรับ
ในสมัยรัชกาลที่ ๔ นั้น พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จะเสด็จออกประกอบพิธีด้วยพระองค์เองทุกปี แต่มีการยกเว้นบ้างในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ เนื่องจากบางครั้งตรงกับช่วงเสด็จประพาสก็จะทรงประกอบพิธีมาฆบูชาในสถานที่นั้น ๆ ขึ้นอีกแห่ง นอกเหนือจากภายในพระบรมมหาราชวัง
ต่อมาการประกอบพิธีมาฆบูชาได้แพร่หลายออกไปภายนอกพระบรมมหาราชวัง และประกอบพิธีกันทั่วราชอาณาจักร ทางรัฐบาลจึงประกาศให้เป็นวันหยุดทางราชการด้วย เพื่อให้ประชาชนจากทุกสาขาอาชีพได้ไปวัด เพื่อทำบุญกุศลและประกอบกิจกรรมทางศาสนา